Persebaran makhluk hidup di Indonesia terletak di antara zona Oriental, zona Australasia, serta zona peralihan sehingga memiliki keunikan tersendiri.
Zona Oriental
Zona oriental meliputi wilayah barat Indonesia, yaitu Kalimantan, Sumatra, Jawa, dan Bali. Yang terdapat hutan hujan tropik yang didominasi oleh pohon dari famili Dipterocarpaceae. Famili Dipterocarpaceae merupakan tumbuhan tertinggi dan menghasilkan biji bersayap. Yang termasuk dalam famili ini antara lain kayu kruing ( Dipterocarpaceae), kayu meranti (Shorea spp).
Jenis-jenis hewan pada zona oriental memiliki kemiripan dengan jenis hewan benua Asia seperti mamalia berukuran besar.
Zona Australasia
Yang meliputi wilayah ini antara lain Maluku dan Papua. Di zona ini terdapat pohon-pohon rendah dan berada di daerah datar seperti matoa dan ficus ( famili beringin )
Sedangkan dengan jenis hewannya memiliki kemiripan dengan jenis hewan di benua Australia. Seperti mamalia berukuran kecil atau hewan berkatung seperti kangguru. Jenis burungnya pun memiliki beragam warna seperti burung cendrawasih yang terdapat banyak di Papua dan sedikit di Maluku.
Zona Peralihan
Zona peralihan adalah wilayah yang terdapat keanekaragaman hayati berasal dari zona oriental dan zona australasia. Zona ini meliputi Sulawesi dan Nusa tenggara. Pada wilayah ini terdapat pohon eukaliptus dan hewan oposum yang lebih mirip dengan tumbuhan dan hewan dari zona Australasia. Di Indonesia bagian tengah juga terdapat hewan khas Indonesia yaitu anoa di Sulawesi, dan babirusa. Burung maleo yag sangat langka terdapat di Sulawesi. Biawak komodo di pulau Komodo.
